Todo viene por la forma en la que está configurada la hora, en Linux suele usar de forma predeterminada el reloj en UTC, mientras que en Windows usa la hora local.
¿Qué quiere decir esto? Que la solución pasa por hacer que los relojes usen el mismo método. Tuya es la decisión de usar UTC o la hora local. En éste caso, cambiaremos a hora local en Linux.
Configurar Linux para usar la hora local.
sink@cain:~$ sudo sed -i 's/UTC=yes/UTC=no/' /etc/default/rcS
Reiniciamos y listo. Se acabó el problema.
También se puede cambiar la configuración de Windows, pero eso ya se lo dejo a otros.